Francisco Pizarro, assassinado pela facção do também líder Diego de Almagro

Francisco Pizarro e Diego de Almagro 

Francisco Pizarro foi assassinado antes mesmo da criação do vice-reino do Peru , ele foi assassinado por uma facção liderada pelo também líder Diego de Almagro, no ano de 1541,um ano antes da criação do vice-Reino, em 1542. A estabilidade do regime colonial foi abalada pela subsequente Guerra civil. Com a criação do vice-Reino,abrangendo quase todo o domínio espanhol nas Américas; mas que acabou se dividindo em 1717 com a criação do vice-Reino de Nova Granada e em 1776 com o surgimento do vice-Reino do Rio da Prata .